Favignana, au paysage diversifié, alterne sur le périmètre de ses côtes en forme de papillon, des parties rocheuses et des parties sableuses (parmi les plages, nous citerons celle de Lido Burrone).
A l’intérieur de l’île, les inactives carrières de tuf sont des spectacles particuliers aux vastes zones de dépression d’où s’élevaient les énormes colonnes de pierre, semblables à des gratte-ciels. Sur les côtes, à Cala Rossa et à Bue Marino (ainsi dénommée car elle fut un temps habité par le phoque moine), de grandes falaises de tuf incisées en milliers de blocs arrivent à lécher le turquoise de la mer et offrent de splendides contrastes chromatiques. Le sommet du mont Santa Caterina est un endroit privilégié pour admirer à perte de vue l’archipel tout entier.