Favignana, con il suo paesaggio vario e diversificato, nel perimetro della sua costa a forma di farfalla, alterna tratti rocciosi a tratti sabbiosi (tra le spiagge ricordiamo quella di Lido Burrone).
All'interno dell'isola, inattive cave di tufo, mostrano scenari peculiari con vaste aree depresse da cui si elevano enormi colonne di pietra, simili a grattacieli, mentre sulla costa, a Cala Rossa e al Bue Marino (così detta perché un tempo abitata dalla foca monaca), ampi strapiombi di tufo incisi in mille blocchi arrivano a lambire il turchese del mare ed offrono splendidi contrasti cromatici. La cima del monte Santa Caterina è poi un punto privilegiato da cui ammirare a perdita d'occhio l'intero arcipelago.